是合法的，合作建房，是指由一方(以下简称甲方)提供土地使用权，另一方(以下简称乙方)提供资金，合作建房。合作建房的方式一般是纯粹的"以物易物"，即双方以各自拥有的土地使用权和房屋所有权相互交换。

土地使用权和房屋所有权相互交换，双方都取得了拥有部分房屋的所有权。在这一合作过程中，甲方以转让部分土地使用权为代价，换取部分房屋的所有权，发生了转让土地使用权的行为。

乙方则以转让部分房屋的所有权为代价，换取部分土地的使用权，发生了销售不动产的行为。因而合作建房的双方都发生了营业税的应税行为。对甲方应按"转让无形资产"税目中的"转让土地使用权"子目征税

对乙方应按"销售不动"税目征税。由于双方没有进行货币结算，因此应当按照实施细则第十五条的规定分别核定双方各自的营业额。如果合作建房的双方(或任何一方)将分得的房屋销售出去，则又发生了销售不动产行为，应对其销售收入再按"销售不动产"税目征收营业税。

以上就是小编对"合作建房投入使用后房产税如何缴纳"，一搬来说，企业合作建房用于生产经营，在签署合同的时候都会写清楚哪一方为产权人。房产税就是针对于房屋产权人所征收的税款，所以手续齐全的话该哪一方缴纳自然会很清楚，如果产权没有明确，由房产代管人缴纳。